Na wyspie panuje klimat subtropikalny. Wiosna nadchodzi tu etapami. Zakynthos najlepiej zwiedzać w maju i czerwcu, gdy nie ma jeszcze upałów. Latem temperatury osiągają do ponad 35°C w dzień i aż 22°C nocą. W lecie, szczególnie w sierpniu, deszcze są tu bardzo rzadkie , natomiast dość często wieją północne wiatry. Nazywane są “Meltemia” . Nasilają się szczególnie miedzy godziną 14:00 a 15:00 po południu. Dla tych, którzy preferują spokojne wody polecamy piaszczyste plaże na południu wyspy.

Wody Morza Jońskiego najcieplejsze są w sierpniu i wrześniu ich temperatura wynosi średnio 25°C.